Элеонора Валентиновна Митрофанова родилась в 1953 году в Волгограде.

В 1975 году окончила Московский государственный институт международных отношений МИД СССР.

С 1975 по 1990 год прошла путь от аспирантки до старшего научного сотрудника Государственного проектно-изыскательского и научно-исследовательского института морского транспорта «Союзморниипроект».

С 1990 по 1993 год работала генеральным директором консультационной фирмы "Эколекс".

В 1993 была избрана депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации.

С 1995 по 1999 являлась аудитором Счетной палаты Российской Федерации.

С 2001 года Э.В.Митрофанова состоит на дипломатической службе. С 2001 по 2003 года была заместителем Генерального директора ЮНЕСКО по вопросам образования, науки и культуры.

В 2003 году стала Первым заместителем Министра иностранных дел Российской Федерации, членом коллегии МИД России.

В августе 2004 года Распоряжением Правительства РФ Э.В.Митрофанова назначена руководителем Российского центра международного научного и культурного сотрудничества при Министерстве иностранных дел Российской Федерации.

Э.В.Митрофанова награждена орденом «Дружбы народов» (2003 год), является кандидатом экономических наук, владеет английским и испанским языками. Замужем. Имеет четырех детей.